1998年12月，敦煌种业公司成立。

2003年12月，敦煌种业7500万A股在上海证券交易所首次公开发行。

2008年12月，敦煌种业股票跻身2008年十大牛股。

2012年5月，敦煌种业研究院成立。

2014年7月，敦煌种业院士专家工作站成立。

2017年5月，合并新设敦煌种业玉米种子分公司；原各公司蔬菜业务人员、基地和资源整合在酒泉设立敦煌种业蔬菜种苗科技有限公司。

2024年7月，敦煌种业第一控股股东正式变更为酒泉钢铁（集团）有限责任公司。